iPhone SE的「SE」表示特別版之意，它更像是iPhone 6s的規格放入iPhone 5s的機殼裡。如同下方AnTuTu的軟體測試，你可能已知道iPhone SE內建2GB RAM（跟iPhone 6s一樣，iPhone 6才1GB）。
然而，iPhone SE的Touch ID是比較慢的第一代，不像iPhone 6s是採用第二代的了（即使是第二代，其指紋辨識速度也己經比近期各家手機廠上市的旗艦手機還要慢，例如小米5的指紋辨識速度就更快了，這部份會在小米5開箱評測中介紹到）。
另外是自拍相機鏡頭，iPhone SE到倒採用120萬畫素、光圈f/2.4的規格，也就是跟iPhone 5一樣的前鏡頭，但後來的iPhone 5s有f/2.2光圈，iPhone 6s則升級到500萬畫素加上螢幕可作補光燈的功能。
iPhone SE用上M9移動協作處理器，具低耗電的優點，在GPS還沒定位成功前，就能讓你先知目前所處海拔高度（適合用作登山運動），不過沒有氣壓計功能就是了。
