有Home key及Touch ID功能的iOS 13
iPhone SE (2020)搭載Apple最新iOS 13.4系統，而且應該可以維持大約5年的軟體更新（包括主要與細部更新）。iOS 13並不是蘋果手機系統重大改良 – 反而較像把iOS「打磨」的更精細並改良系統預設的app。
iPhone SE (2020) 使用Touch ID生物識別安全技術，與iPhone 8相同的設計 – 直接在指紋感應器上按壓，辨識成功後即解鎖並進到桌面。你也可以使用抬起喚醒先喚醒螢幕，然後手指輕觸指（不用按壓）紋辨識器進行解鎖。
螢幕鎖定狀態下有三個面板/功能，分別是訊息通知中心（中間畫面），向左滑動是「今日」資訊面板，可以讓你放置Widget，向右滑動則啟用相機程式。在螢幕鎖定畫面從底部做向上滑動可叫出控制中心，提供許多能讓你快速開啟的功能，例如手電筒、時間、計算機、錄音、亮度、音量、鎖定螢幕方向等。
所有應用程式都會放在桌面上，Widget則是放在最左邊的「今日」桌面，不像Android可以選擇要放在哪個桌面。此外iOS沒有「所有應用程式集」。「Spotlight - 搜尋」則可以搜尋iCloud上存放的檔案、記事、郵件內容（蘋果的郵件程式）、LINE、或是匯率換算（例如美元與台幣換算）等。
▼ 鎖定畫面 • 桌面 • 桌面 • 今日 • 選擇要放在「今日」的小工具
手勢操作維持與iPhone X版本之前相同的操作 – 按壓Home鍵回到桌面/關閉程式，連按兩下可檢視近期開啟程式的列表。從螢幕頂端做向下滑動可叫出訊息通知中心，下拉通知中心選單的背景圖是與螢幕鎖定的背景圖共用（從iOS11以後才有這樣的設計），所以你若將桌面與鎖定畫面的背景圖設為不同張，一開始可能會有點被搞糊塗。
控制中心各項功能有些長按會顯示額外的選項，例如長按亮度選項，會跳出深色模式、夜覽模式、以及True Tone設定。
▼ 控制中心選單
▼ 亮度調整
▼ 勿擾模式設定
▼ 選擇哪些功能要顯示在控制中心選單
從Phone 11、iPhone 11 Pro、iPhone 11 Pro Max和iPhone XR開始，蘋果取消3D Touch功能（iPhone 6s、iPhone 6s Plus、iPhone 7、iPhone 7 Plus、iPhone 8、iPhone 8 Plus、iPhone X、iPhone XS和iPhone XS Max還有3D Touch），iPhone SE (2020) 也拿掉3D Touch，之前3D Touch可以透過感壓預覽資訊或開啟應用程式對應的功能選單，雖然現在被拿掉，但以「按住不放」的手勢操作取代，而且taptic engine會有震動回饋，操作起來的體驗與3D Touch接近。可惜的是，取消3D Touch觸控層多出來的空間沒有讓蘋果放入更大容量的電池。
你可以在各種app的圖示上使用Haptic Touch操作，在app圖示上按住不放可以顯示對應的快速操作選單（如果該支app有支援的話）。你也可以用它進行訊息互動/回覆，功能開啟/關閉，若在程式內可以快顯檢視或預覽圖片、連結、檔案描述，或是在資料夾圖示上長按來進行資料夾名稱變更，或是預覽資料夾裡的程式們是否有未讀訊息。總而言之，以彈跳式視窗來預覽圖片、網頁連結、訊息、email、記事、照片都還是有支援。
▼ 長按控制中心的網路時，會顯示更多選項
▼ 在設定圖示上長按，會顯示編輯主畫面、電池資訊、行動數據、Wi-Fi、藍牙等可讓你快速進入設定的選項
▼ 在相機程式長按，可顯示自拍、錄影、人像模式拍照、前鏡頭人像模式拍照、編輯主畫面
▼ 在safari瀏覽器圖示長按，有開啟網頁、以新分頁開啟、下載連結檔案、加入閱讀清單、複製、分享等選項
▼ 在圖片上長按，有複製、分享、加入最愛、刪除選項
iOS 13加入全系統的深色模式，在設定的「螢幕顯示與亮度」可以開啟，開啟後原本白色的系統背景會變成黑色，系統內建的應用程式都可套用深色模式，其它原本使用白色的靜態背景色也會跟著變成黑色。由於深色模式的亮度較低，理論上它可以省下一些電力消耗。你可以設定持續開啟深色模式，也可以讓它在日落或排程時間一到時自動開啟，日出時自動關閉。
▼ 深色模式
Siri – Apple數位助理 – 每個月約有4億人次以上的使用次數。你可以按壓側邊鍵（電源鍵）喚叫它，透過機器學習它仍然持續在演化進步中。蘋果iOS 12讓Siri的聲音更接近人類的聲調（例如同一個單字可以有不同的發音，還可以選擇男生版的Siri），而且從iOS 13之後還加入新的以及聽起來更自然的人聲。
此外Siri的功能變得更細膩，例如會去分析你過去傳簡訊給誰，什麼時候傳的，然後提供傳送簡訊建議，或是聯絡人的生日快到了，Siri會提醒你撥個電話給對方祝他/她生日快樂，這個功能稱之為「Siri建議」。
「Siri捷徑」在iOS 12原本是系統的一部份，功能比重沒有那麼大，但在iOS 13它獨立成一支app。你可以透過它編寫iOS系統內幾乎所有可用的腳本/指令，包括某些進階的動作，例如下載YouTube或Facebook影片，或是將YouTube轉檔為MP3。關於Siri建議的說明有興趣的人可以參考蘋果官方說明頁：https://support.apple.com/zh-tw/guide/iphone/iph6f94af287/ios
「Siri捷徑」的指令/腳本還可用來開啟應用程式、選擇設定的某個選項、離開應用程式、調整各種設定、關閉或開啟某個動作、計算、測量、獲取網路詳細訊息等等。或是利用它來找出各種想要檢視的檔案類型 – 例如最新匯入的圖像、不同類型的圖像、截圖、開啟PDF、編輯記事、列印、掃描QR等。
▼ Siri捷徑
▼ 照片是iOS系統裡重要的程式之一，在iOS 13有大幅度的更新。相片頁籤現在有四種檢視方式 – 年、月、日、以及所有相片。所有相片是舊版相簿程式預設的檢視方式。
使用天、月、年檢視時，AI會判斷哪些是最好看的照片，讓相片不會雜亂無章的排列，而且會排除不必要的資訊/照片，例如你不會在此看到截圖照、記事、或是重複的照片。當你使用在這三種檢視方式滑動觀看照片時，所有原況照片與影片會以靜音狀態自動播放。此外，最好看的照片與影片會以較大張的縮圖呈現。
▼ 照片程式還提供新的相片及影片編輯模式。它讓你可以清楚的看到編輯前後的差異，很多地方可以透過滑塊來調整。其它新的選項例如自然飽和度（vibrance，可增加相片彩度，但又不至於不自然），清晰度，亮部，雜點消除，光暈以及新的濾鏡效果等。
其它大家熟悉的應用程式還有Books可收藏你的文件、PDF檔、電子書。股市與新聞程式，Safari是預設瀏覽器，下載管理員。健康程式則有新的摘要頁面與檢視近期與先前的活動差異，以及新的周期追踪功能。其它還有蘋果地圖、Safari。
▼ 蘋果地圖
▼ Books
▼ 股市
▼ Safari
▼ 健康程式
iOS 13將Apple TV納入並且是系統預設的影片播放程式，除了可以播放手機本機端的影片，還可以用來播放透過iTunes傳送到手機裡的電影或節目。你也可以在Apple TV裡的商店購買電影與電視節目，Apple TV+串流服務有整合到此，如果你買了今年（2020年）的新iPhone，可免費看一年的Apple TV+。關於Apple TV+ 詳細資訊，請參考蘋果官方這裡說明。
音樂是系統預設音樂播放程式，它很依賴Apple Music的內容，不過即使你沒有訂閱Apple Music也沒關係，你還是可以透過來它播放儲存在手機的音樂，例如透過iTunes儲存到手機內的歌曲。
最後，Apple Pay在iOS 13更進一步整合加入「sign-in with Apple」新功能，你可以透過這項功能使用你的Apple帳號、FaceID（iPhone X以上機款）或是Touch ID（包括兩困素雙重認證）快速登入各種app。蘋果會傳送一組隨機ID給app，如果app登入需要你的email位址，你可以選擇看是要填入你真正的email，或是讓Apple幫你隨機產生的一組虛擬email（針對每款app可以產生不同的email，用完一次就可以丟掉），也就是說，當你要註冊某個app的會員時，當app要你填入你email以接收激活認證信時，蘋果可以幫你生成虛擬的email來接收這個資訊，然後再把app認證信轉到你「真實的email」，這樣的好處是，你真實的email將不會被app掌握到，避免日後被追蹤或騷擾的可能。
蘋果指出，用戶可以為不同服務或App申請不同email，每一組email都不一樣，也不會有任何相關性，還可以隨時刪除，讓用戶充分控制自己的個資。比起一般我們常看見網站或app登入時的「Facebook帳號登入」、「Google帳號登入」選項，蘋果提供更不錯的方案。
在iPhone SE的Apple A13晶片
售價14500元的iPhone SE (2020) 最大的亮點是其硬體有搭載與iPhone 11系列一樣的Apple A13晶片。A13晶片有85億個電晶體每秒可1萬億次運算，使用7nm+製程，六核心配置（2x2.65 GHz Lightning高性能 + 4x1.8GHz Thunder省電）。
顯示晶片則保留與A12同樣的四核心架構設計，但與A12的GPU在執行同樣工作相比時，A13的GPU速度快了20%，更省電40%。
A13使用第三代神經網路引擎，八核心（速度更快20%、更節能15%），讓單顆鏡頭的iPhone SE 2020也有人像模式功能。但iPhone SE 2020並不會有iPhone 11系列的「Deep Fusion」與「夜晚模式」的圖像處理功能。註：Deep Fusion是iPhone版的HDR+，它攝影模式的原理，是藉由主相機的鏡頭拍攝9張照片，之後再透過A13 Bionic處理器進行類神經運算與整合機器學習。而這9張照片並非按下快門後才拍攝，而是按下快門前系統已預先拍攝4張短曝光照片，然後按下快門時一口氣再拍4張以及一張長曝光的照片，最後系統會挑選最好的照片並將它們「融合 – Fuse」為一張照片。再強調一次，iPhone SE (2020)不會有Deep Fusion與夜間模式功能。
iPhone SE (2020)的RAM有3GB，比iPhone 11的4GB少了1GB。
▼ 測試CPU效能的GeekBench項目，搭載Apple A13晶片的iPhone SE (2020)獲得分數非常頂尖，單核心方面，高性能的Lightning 2核2.65 GHz比Android任何一款手機都還要快，即使是最近的Kryo 585 Prime核心也望塵莫及。
▼ 多核心運算項目，高通最新Kryo的四核心就有追上來了。
▼ AnTuTu 8是綜合型測試，測試手機的「多執行緒」、「Android執行環境」、「RAM運算」、「RAM速度」、「CPU性能壓力測試」、「CPU浮點運算」、「單線程CPU整形性能」、「單線程CPU浮點性能」、「2D繪圖性能」、「3D繪圖性能」、「存儲I/O」、「數據庫I/O」的綜合效能，測試繪圖性能時，手機螢幕是在開啟下進行。iPhone SE (2020)雖然沒有第一，但462253分是相當出色的 – 較少的RAM是讓它的表現落後iPhone 11 Pro的原因。
由於目前GFX Benchmark還未針對最新iPhone優化，所以我們無法測試它的GPU實際性能表現。然而iPhone SE (2020) 有最新的A13晶片以及較低解析度的螢幕，在GFX Benchmark獲得的分數判斷會很高分。
iPhone SE就像是一款經典的Beetle車款裝上法拉利的引擎，效能給得很強，比用戶需要的性能多更多，這樣的運算力應該可以讓它有4至5年iOS系統版本升級的餘裕。
